Veliki broj bifidobakterija živi u crijevima zdravih ljudi. Najtipičniji reprezentativci su dojenčad koja jedu majčino mlijeko . 99% svoje crijevne bakterijske flore su bifidobakterija. Budući da bifidobakterija može proizvesti octenu kiselinu i mliječnu kiselinu, vrijednost pH u crijevu ima tendenciju da je snažno kisela, tako da može inhibirati rast patogenih bakterija i spriječiti da se ljudsko tijelo zarazi.
Zbog toga dojenčad koja piju majčino mlijeko imaju manje proljeva ili enteritisa od onih koji piju mlijeko, a stopa smrtnosti je također niža. Naravno, to je istina ne samo za dojenčad, već i za dojenčad i odrasle. Što više bifidobakterija dominira u crijevima, to je manja vjerojatnost da će ih napasti patogeni i infekcijske bolesti.